El colegio San Juan, perteneciente a la diócesis de Bilbao, es un centro de Educación Integral, desde el cual toda su comunidad educativa, a pesar de estar ubicado en una zona castellano parlante, realiza un esfuerzo importante por vivir una experiencia euskaldun y extenderla al pueblo de Muskiz y alrededores.

Tiene como finalidad la formación integral y en valores humanos y cristianos de niños y niñas en las etapas de Educación Infantil y Educación Primaria, con una metodología activa y una atención personalizada.