San Felix Ikastola es un centro de nivel de gestión excelente: A de Oro y único centro con Premio Vasco de Innovación con 4 buenas prácticas: Nuevos Retos educativos, Nuevos Espacios Educativos, Descontaminación educativa en las Aulas y por último Innovación Integral en la gestión.

Un centro dónde se ha implantado el trabajo por proyectos desde el marco de la comprensión de Harvard (Project Zero). Un centro diferente, sin libros, donde todos los proyectos son realizados por los profesionales del centro junto a la revisión de especialistas de la Universidad de Harvard.

Desde el año 2017 cuenta con el premio de Innovación vasco a la gestión avanzada y desde 2015 con el reconocimiento de oro a la gestión avanzada.

San Felix Ikastola cuenta con el certificado de centro tecnológico avanzado y ha implantado el sistema pedagógico de la confianza entre los más jóvenes. Se trata de un centro VEC, siglas de Vinculación Emocional Consciente.